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GPC色谱柱一般比常规液相色谱分析柱要贵很多，但如果正常使用，离子色谱柱也可以有很长的使用寿命，因此对离子色谱的维护和清洗十分重要。一般而言，没有统一维护和清辖骤，不同类型不同商家的离子色谱在说明书均有十分详细的说明，用户在使用前一定要注意仔细阅读。
(1)色谱柱的清洗溶液
a.铁离子污染会降低色谱峰高，可以用2至5mM的柠檬清洗，如果仍有污染，可以用其它络合物如草来清洗；
b.有机污染物：可以用5%有机溶剂的清洗，不超过15%的有机溶剂，同时也可在有机溶剂中加入5至10mMHCl，通用的清洗溶液为在10%中含5mM七丁。
(2)色谱柱的清洗过程
a.配制500mL清洗溶液;
b.将抑制器与分离柱断开;
c.设置泵的流速为0.5mL/min;
d.清洗溶液清洗色谱柱60分钟;
e.如果进行梯度泵清洗，可以在30分钟后达到的有机溶剂浓度，清洗30分钟后，逐步减少有机溶剂的浓度;
f.重新连接抑制器;
g.用常规淋洗液平衡色谱柱进行正常操作。
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GPC色谱柱注意仔细阅读